FAT 32:
به منظور حل کردن مشکل محدودیت اندازه هارد در FAT16 بدون کم شدن حافظه در دسترس ، شرکت مایکروسافت تصمیم گرفت یک ورژن جدیدتری از FAT که FAT 32 نامیده می شد را طراحی کند در FAT 32 اندازه کلاستر در فیلدهای  32 بیتی نگه داری می شوند که از این 32 بیت ، 28 بیت برای نگهداری عدد کلاستر استفاده می شود . ماکزیمم 250 میلیون کلاستر (228) می توان داشت .
و به این ترتیب می توان اندازه درایو را تا 8 ترابایت که کلاسترهای 32 KB دارد افزایش داد . سکتور بوت از یک فیلد 32 بیتی برای شمردن سکتور استفاده می کند و به همین دلیل ظرفیت درایو به 2 ترابایت با 512 بایت سکتور محدود می شود .
در ویندوز 95 و 98 بسته به ورژن برنامه Microsoft ScanDisk با توجه به این دو نوع سیستم عامل برنامه ها بصورت 16 بیتی می باشند و ساختار FAT امکان داشتن بیش از 4 میلیون کلاستر را نمی دهد و ظرفیت پارتیشن را به 127.53   گیگبایت محدود می کند .این محدودیت در ورژنهای اورجینال ویندوز 98 و 98SE بیش از 64 گیگابایت است .ورژن صحیح از طریق مایکروسافت در دسترس خواهد بود . این محدودیت در مورد ویندوز 2000 و XP جز در وضعیت Set Up ، تا 32 گیگابایت محدود می شود .
ویندوز ME ، فایل سیستمی FAT32 را بدون هیچ محدودیتی ساپورت می کند .FAT32 توسط ویندوز 95 OSR2 معرفی و به باتزار ارائه شد. با ویندوز 98 یک برنامه همراه بود که FAT16 را به FAT32 بدون از دست رفتن اطلاعات تبدیل می کرد . درایور رایگان FAT32 که مخصوص ویندوز NT 4.0 از طریق Winternal در دسترس است . ویندوز 2000 و ویندوز XP می توانند هر سایزی از FAT32 را Read و Write کند . ولی فرمت برنامه در ویندوز 2000 و ورژنهای بالاتر فقط می تواند فایل سیستمی FAT32  که 32 GB یا کمتر است را ایجاد کند . این محدودیت به خاطر نوع طراحی آن بوده و فایل سیستمی FAT32 که اندازه آن بزرگتر بوده بسیار کند شده و غیر موثرند . البته این محدودیت ها بوسیله برنامه های دیگر قابل رفع خواهد بود .ماکزیمم اندازه فایل در یک فایل سیستمی FAT32 ، 4GB – 1B است . برنامه های Video Capture و دیگر برنامه های ویرایش از این محدودیت تخطی می کنند . فایل های بزرگتر از یک نوع فایل سیستمی دیگر مانند HFS+ یا NTFS استفاده می کنند . تا اواسط 2006 افرادی که از دو سیستم عامل برای بوت استفاده می کنند و یا از درایوهای External در بین کامپیوتر های با سیستم عامل های مختلف با Fat32 انتخاب کمتری دارند از آن موقع به بعد ساپورت کامل NTFS توسط لینوکس و دیگر سیستم عاملها ، از طریق نصب کردن Fuse Library در لینوکس به همراه NTFS-3G ، در دسترس خواهد بود . مبادله اطلاعات بین ویندوز و لینوکس از طریق بکارگیری Linux - Native EXT2 یا EXT3 از طریق درایو های external برای ویندوز مانند EXT2 IFS امکان پذیر است . البته ویندوز نمی تواند از پارتیشن های Ext2 یا Ext3 بوت شود .  
Fragmentation (تکه تکه سازی):
فایل سیستمی FAT مکانیسمی که مانع از ذخیره فایل ها بصورت پراکنده شود ، ندارد . دیگر فایل های سیستمی شبیه HPFS از یک سری بیت مپ هایی که امکان استفاده از کلاستر هاای که قادرند بطور خیلی سریع دنبال فضاهای آزاد را فراهم می کند ، استفاده می کنند .
روش دیگر لینک کردن همه کلاستر ها به یک یا تعداد بیشتری لیست ( مانند چیی که در فایل سیستمی یونیکس وجود دارد ) می باشد . در عوض فایل سیستمس FAT لازم است که بصورت آرایه ای به دنبال کلاستر های ازاد که می توان از آنها به عنوان پنالتی (جبرانی ) استفاده می شود . در حقیقت ، محاسبه فضای آزاد در FAT نیاز به خواند محتویات FAT بصورت خطی می باشد . یک سطربندی توسط مایکروسافت برای محدود کردن ماکزیمم اندازه پارتیشن انجام می شود که به این عملیات " DIR " گفته می شود در این سطر بندی در سطر آخر فضای آزاد دیسک نمایش داده می شود . 
فایل سیستمی HPFS (High Performance File System):
این فایل سیستمی ، فضای هارد را به باند هایی تقسیم بندی می کند که هر باند فضای آزاد بخصوص به خود را دارد . زمانی که چند فایل بطور همزمان باز می شوند بایستی بطور جداگانه بسط داده شوند . مشکلات و مسائلی که در نتیجه Fragment شدن فایل پیش می آیند ، به خاطر سیستم عامل و محدودیت سخت افزاری است .
سیستم عامل DOS که در هر لحظه تنها یک برنامه را می توانست اجرا کند ( Single Tasking ) هیچ مکانیسمی مبنی بر اینکه بتواند از تکه تکه سازی فایل بکاهد ، نداشت . به همین نحو ف امکان Write – Behind Caching در برنامه های مایکروسافت وجود نداشت  و اگر وجود داشت باعث از دست رفتن اطلاعات در بعضی موارد شد . که به دلیل فقدان پشتیبانی بین برنامه های کاربردی و سیستم بوجود می آمد .همچنین MS- dos سیستمی که بتواند اعلام کند که در دو فایل که قرار است روی هارد دیسک شما ذخیره شود فایل اولی هنوز کاملاً Write نشده است ندارد .
Cache هارددیسک در سطح بلوک های هارد دیسک عمل می کند و از ساختار سطوح بالاتر اطلاعی ندارد . در این جور موقعیت ها ، موضع گرفتن با توجه به پیشرفت واقعی عملکرد دیسک بسیار خطر ناک است .
سیستم عامل های جدید این بهبود و بهینه سازی را در پارتیشن های FAT ایجاد کرده اند اما این نوع بهبود ها هنوز هم اثر تصنعی بر روی خرابی سیستم دارند . در سیستم ویندوز NT ، از فضاهایی برای تخصیص فایل در نظر گرفته شده است . و نواحی هم جوار و پیوسته بزرگ استفاده می کنند . به همین دلیل فضای بیشتری برای ذخیره فایل نسبت به حالت ذخیره سازی تصادفی نیاز دارد .
با کلاستر های با اندازه بزرگتر 16 یا 32k ف تکه تکه سازی خارجی کمتر قابل توجه است . ولی تکه تکه سازی داخلی مانند فضایی از هارد که از بین رفته ( مگر در مواردی که اندازه فایل مضربی از اندازه کلاستر ها باشد . )باعث بروز مشکلاتی مخصوصاً زمانی که تعداد زیادی فایل با اندازه کوچک داریم ف می شود .
 
Third Party Setup :
دیگر سیستم عامل های IBM ، مانند لینوکس ، Free BSD ، Be OS و JNODE همگی فایل سیستمی FAT را پشتیبانی می کند . و هم چنین VFAT ، FAT32 ، JFAT را نیز ساپورت می کند . هم چنین لینوکس از فایل سیستمی که با عنوان UMSDOS شناخته شده و ترکیبی از FAT و UNIX است نیز ساپورت می کند .
UMSDOS بعد از اینکه VFAT به بازار آمد از رده خارج شد ، هم چنین توسط ورژن 2.5.7 لینوکس قابل استفاده نبود . سیستم عامل Mac OSX فایل سیستمی FAT را در پارتیشن هایی غیر از بوت ساپورت می کند .
 
FAT و جریانهای فرعی Data (ADS):
فایل سیستمی FAT برای ساپورت از ADS طراحی نشده است ولی بعضی از سیستم ها ی عامل از روشهای مختلفی برای handle کردن آن در FAT بکاربرده اند . بعضی از روشها حتی اطلاعات قدیمی را در فایلها و یا دایرکتوری های جدید ، ذخیره می کند ( Mac OS)و یا اینکه از معنای جدیدی برای فیلد های استفاده  نشده در FAT استفاده می کنند ( OS/2 , Windows NT) طراحی بعدی که احتمالاً بیشتر کارایی داشته باشد و مانع از کپی سازی یا Back up از پارتیشن ها که از ابزار های غیر هوشمند استفاده می کنند ، می شود . دستکاری این نوع هاردها با استفاده از برنامه های غیر کاربردی (مانند CHKDSK) باعث از بین رفتن اطلاعات می شود .
Mac OS از PC Exchange برای ذخیره صفات ، نام های فایل در یک فایل مخفی که FINDER.DAT نامیده می شود استفاده می کنند . شاخه اصلی آن در دایرکتوری فرعی RESOURCE.FRK نامیده می شود.از PC Exchange 21 به بعد نام طولانی را بصورت استاندارد ذخیره می کند و نام های طولانی تر از 31 کاراکتر را به نام فایل 31 کاراکتری تبدیل می کند .Mac OSX شاخه اصلی و متا دیتا ( شامل صفات و دیگر ADS ها) را در یک فایل مخفی به نام " DS - Store" ذخیره می شود . OS/2 این موارد را در یک فایل که آن هم بصورت hidden بوده و " EADATA.SF" نامیده می شود در دایرکتوری اصلی FAT12 یا FAT16 ذخیره می کند . در FAT32 16 بیت آغازین ، عدد کلاستر را نگه می دارد . به همین دلیل باعث می شود که ذخیره EA ها با سختی انجام می شود . این موارد از طریق صفحه Workplace Shell از طریق اسکریپت های REXX در دسترس اند . به منظور اصلاح سیستم های فرعی OS/2 ، ویندوز NT ، EA را  از طریق HPFS ، NTFS ، FAT ساپورت می کند . همانطور که در OS/2 ذخیره می شوند در FAT و HPFS نیز ذخیره می شوند . ولی دیگر موارد ADS غیر از EA را از یک هارد با فرمت NTFS به هارد دیگر با فرمت FAT یا HPFS ذخیره کنید یک پیغام خطا مبنی بر اینکه آن ADS از بین خواهد رفت مواجه می شوید .